Las células madre pueden usarse para modular y equilibrar el sistema inmune, en este sentido pueden considerarse como agentes inmunosupresores por sus propiedaes inmunoreguladoras. Hipotéticamente podrían sustituir a los inmunosupresores y evitar sus efectos secundarios, además de regenerar ciertos tejidos dañados como consecuencia de la enfermedad. Mediante los tratamientos con células madre logramos controlar y disminuir la inflamación a cero, podría ser equiparable a curación si bien, técnicamente, no podemos hablar de curación en enfermedades o entidades cuya causa es desconocida. El efecto del programa del tratamiento puede ser suficiente para estabilizar al paciente durante una década, o puede durar 6 meses. Como se menciona anteriormente, los pacientes tratados con esta terapia no se busca que no recaídas, ni nuevas lesiones ni incrementos en la escala de la enfermedad. Esto depende de varios factores, incluido el estado de salud del paciente y la etapa del LES antes del tratamiento; la edad del paciente; y la presencia de otras enfermedades crónicas.